Jako wikariusz pracował m.in. w Chełmży, Miłobądzu i Papowie Biskupim. 1 stycznia 1933 roku został mianowany kuratusem nowo utworzonej parafii w Gdyni Małym Kacku. W ciągu pięciu lat powstał tu pierwszy kościół oraz plebania, która służy do tej pory. 

   Z dniem 1 października 1938 roku objął funkcję proboszcza w Rożentalu k. Lubawy, gdzie zastała go II wojna światowa. Tam został aresztowany jesienią 1939 roku i osadzony w klasztorze oo. karmelitów w Oborach. Był więziony także w Olsztynku, Nowym Mieście, Brodnicy, Rypinie, Grudziądzu, w obozie koncentracyjnym w Stutthofie, skąd został przewieziony do obozu koncentracyjnego w Oranienburgu-Sachsenhausen, gdzie dotarł 10 kwietnia 1940 roku. Kilkusetosobową grupę aresztowanych przywitał Wilhelm Schubert, jeden z najbardziej krwawych i zwyrodniałych oprawców obozowych, który oświadczył swoim charakterystycznym piskliwym głosem: Mogę was zapewnić, że dla was istnieje tylko jedna droga wyjścia z tego obozu: przez komin krematoryjny.

   Rodzina ks. Stefana podjęła starania o zwolnienie go z obozu. Podpisy pod tym wnioskiem złożyło około 50 jego parafian z Rożentala i z Małego Kacka. Wśród interweniujących byli również Niemcy wyznania ewangelickiego. W Berlinie, w głównej siedzibie SS, udało się uzyskać zwolnienie z obozu.

   Ks. Stefan został wezwany przed władze obozowe na rozmowę wypytując go o różne sprawy: o jego udział w pierwszej wojnie światowej na froncie francuskim, o to gdzie i kiedy został ranny, oraz kiedy wrócił z niewoli.

   Wreszcie zadano mu pytanie, kim jest i jaki ma zawód. Po dłuższej chwili milczenia ksiądz Stefan Radtke oświadczył, iż jest katolickim duchownym. Słowa te wywołały ogromne oburzenie wśród zebranych esesmanów, którzy postanowili zignorować pismo z Berlina i nie zwolnili go. Zmarł z wycieńczenia w Oranienburgu-Sachsenhausen 29 października 1940 roku.