Jan Bernard Szlaga, syn Jana i Heleny z domu Ściesińskiej, urodził się 24 maja 1940 roku w Gdyni, w domu przy ul. Kurpiowskiej 13. Ochrzczony został 2 czerwca 1940 roku przez ks. prob. Pawła Lubińskiego w naszym kościele. Ojciec, przed wojną pracownik Poczty Polskiej w Gdyni, pracował wówczas na kolei. Do pra-cy na poczcie w Gdyni, w ekspedycji telegramów, powrócił po zakończeniu II wojny światowej. Matka nigdy nie pracowała zawodowo. Był najmłodszym z sześciorga rodzeństwa (Tadeusz, Genowefa, Małgorzata i Maria; nie żył najstarszy syn, Kazimierz, zmarły we wczesnym niemowlęctwie). Rodzice zmarli w pierwszych „lubelskich" latach ks. Jana Szlagi ojciec w roku 1967, a matka w 1971, wkrótce potem, w 1972, zmarł brat Tadeusz, były więzień łagru w Workucie, w 1997 zmarła najstarsza siostra Genowefa, a w 2008 Małgorzata. Jego szkoła podstawowa to nasza „Trzynastka" w latach 1947-53. Po pierwszym roku nauczania uzyskał promocję do klasy III. Jeszcze przed I Komunią świętą zaczął służbę mini-strancką; w ostatnich latach szkoły podstawowej ks. prob. Robert Rompa wyznaczył go na prezesa koła ministrantów. Po ukończeniu szkoły podstawowej w 1953 roku rozpoczął naukę w szkole średniej, najpierw w Collegium Leoninum w Wejherowie, gdzie ukończył klasę VIII i IX. W 1957 Jan Szlaga zdał w Pelplinie pierwszą maturę, prywatną, za którą uzyskał Nagrodę Rektora WSD. W czasie studiów w Wyższym Seminarium Duchownym, w roku 1959, po ukończeniu klasy XI w Korespondencyjnym LO w Gdańsku („Topolówka"), zdał maturę państwową. 2 czerwca 1963 roku przyjął święcenia kapłańskie, a Mszę św. prymicyjną odprawił w naszym kościele. Jako wikariusz pracował w Łęgu i w Jabłonowie Pomorskim. 1 października 1965 roku zaczął studia specjalistyczne z zakresu biblistyki na KUL-u, gdzie w 1968 roku uzyskał tytuł magistra teologii oraz stopień licencjata teologii w zakresie nauk biblijnych, a w 1970 roku stopień doktora . W roku akademickim 1972/73 odbył studia specjalistyczne na Papieskim Instytucie Biblijnym w Rzymie.
W roku 1976 habilitował się na Wydziale Teologicznym KUL , po czym w 1979 roku został powołany na stanowisko docenta i kierownika Katedry Egzegezy Ksiąg Narracyjnych Nowego Testamentu. W 1983 roku uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego. Wcześniej, w roku 1977, został mianowany profesorem egzegezy NT w Wyższym Seminarium Duchownym w Pelplinie. W latach 1979-81 był prodziekanem Wydziału Teologicznego, a w 1981-84 jego dziekanem, zaś w 1984 roku został wybrany na prorektora KUL (ponownie wybrany w 1986). Również w 1984 roku został mianowany kapelanem honorowym Jego Świątobliwości. W latach 1969-88 pracował w zespole redakcyjnym „Encyklopedii Katolickiej", a w latach 1981-88 był członkiem jej redakcji naczelnej. W roku 1988 został biskupem pomocniczym chełmiń-skim. Na zawołanie biskupie wybrał hasło „Parare vias Domini". Po przyjęciu sakry biskupiej, zajęcia dydaktyczne na KUL-u zachował w wymiarze pół etatu, natomiast rozszerzył zakres wykładów w Wyższym Seminarium Duchownym w Pelplinie. W roku akademickim 1991/92 podjął jako profesor zwyczajny wykłady monograficzne z symboliki biblijnej na Wydziale Filologiczno-Historycznym Uniwersytetu Gdańskiego. Po reorganizacji struktur Konferencji Episkopatu Polski został 2 maja 1996 wybrany na przewodniczącego Rady Naukowej Konferencji Episkopatu Polski. Był także członkiem Rady do Spraw Ekumenizmu Konferencji Episkopatu Polski, a nadto (od 1997) uczestniczył w pracach Komisji do Spraw Dialogu pomiędzy Konferencją Episkopatu Polski a Polską Radą Ekumeniczną. 25 marca 1992 roku został ordynariuszem nowej diecezji pelplińskiej. Uroczysty ingres do Bazyliki katedralnej w Pelplinie odbył 24 maja 1992 roku. Przeprowadził reformę administracji diecezji w ramach dekanatów, ustanowił nowe parafie, błogosławił i poświęcał nowe kościoły, utworzył Kapitułę Kartuską i Koronowską. Zwołał I Synod Diecezji Pelplińskiej. Zwołał i przeprowadził diecezjalny Kongres Eucharystyczny (1993), diecezjalny Kongres Trzeźwości (1994) i diecezjalny Kongres Różańcowy (1998). Powołał do istnienia Katolicką Rozgłośnię Diecezji Pelplińskiej Radio „Głos". Zainicjował proces beatyfikacyjny kapłanów męczenników okresu II wojny światowej. Dbałość o stan materialny Kościoła diecezjalnego wyrażała się przede wszystkim w trosce o Bazylikę katedralną. Powołał do istnienia 3 uniwersytety ludowe. Utworzył w diecezji 5 liceów katolickich. W 1997 roku powołał Chrześcijańską Szkołę pod Żaglami i był jej patronem. Opublikował wiele artykułów, rozpraw, przyczynków i haseł encyklopedycznych. Był redaktorem wielu prac zbiorowych, w tym zwłaszcza „Wstępu ogólnego do Pisma Świętego".
W maju 2009 roku prezydent RP Lech Kaczyński odznaczył biskupa Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski. 25 kwietnia 2012 r. biskup zmarł w starogardzkim szpitalu powiatowym.
